Фамилия Мингужина — женская форма, её мужской вариант — Мингужин. Принадлежит к группе фамилий, образованных от личных имён тюркского происхождения с помощью простого и распространённого суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Мингужин», то есть потомок человека по имени Мингужа.

Основа фамилии — составное имя Мингужа. В нём отчётливо выделяются два компонента. Первый — «мин» (или «мен»), что восходит к тюркскому слову со значением «тысяча». В составе имён этот элемент часто использовался как пожелание долгой жизни, множества потомков или воинской доблести (ср. Мингали, Миннебай). Второй компонент — «гужа» (или «гузя», «кузя»). Это, скорее всего, вариант тюркского «ходжа» (хозяин, господин, наставник) или «кузя» (глаз, взгляд, а в переносном смысле — «дорогой»). Таким образом, имя Мингужа можно истолковать как «тысяча господ» (гиперболическое пожелание власти и уважения) или «тысяча глаз» (образ всевидящего, заботливого человека).

Фамилия Мингужина — яркий маркер тюркского, скорее всего татарского или башкирского, происхождения. Подобные сложносоставные имена были очень популярны в среде волго-уральских тюрок вплоть до XIX века. Носительницы этой фамилии — потомки человека, получившего при рождении имя Мингужа. В русскую языковую среду фамилия вошла через делопроизводство, где окончание -а закрепилось за женщинами, а -ъ (позже -ин) — за мужчинами. Географически фамилия встречается преимущественно в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области, что подтверждает её региональную привязку.