Фамилия Миникина — женская форма, мужской вариант — Миникин. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Миника. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Миникин буквально означает «сын Миники», «из рода Миники». Такая модель образования — одна из самых распространённых в русских фамилиях, особенно в северных и центральных регионах.

Корень фамилии восходит к уменьшительно-ласкательной форме от имени Мина, Миня. Само имя Мина — это народная форма от канонического Минай (от греческого «менайос» — «лунный»), либо от Михаил, Дмитрий или Семён, где отсекалась начальная часть, а остаток превращался в краткое Миня. В русских говорах слово «миня» также могло означать «размазня», «неповоротливый человек», так что прозвище Миника могло закрепиться за медлительным или вялым человеком. Однако более вероятно, что фамилия образована именно от имени, а не от прозвища с негативным оттенком: уменьшительные формы на -ика (Миника, Ванька, Петька) в XVI–XVII веках были нейтральны и широко бытовали в крестьянской среде.

В исторических документах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Миникины могли быть крестьянами или посадскими людьми из центральных губерний — например, в переписях XIX века по Рязанской и Тамбовской губерниям попадаются единичные носители. В советское время фамилия не получила широкого распространения, оставаясь редкой. По данным современных справочников, Миникины концентрируются в основном в Поволжье и на Урале.

Интересно, что в некоторых говорах «миника» — это не имя, а диалектное название мелкой рыбы (пескаря или бычка). Если фамилия возникла в рыбацкой среде, то Миникин мог означать «сын рыбака по прозвищу Миника» — то есть человека, который ловил эту самую мелочь. В любом случае, фамилия однозначно русская, крестьянская по происхождению, и её редкость делает её особенно ценной для локальной генеалогии.