Фамилия Минлигулов — это фонетический вариант более старой формы Минлегулов. Разница в написании объясняется особенностями произношения: в безударной позиции гласный «е» звучит ближе к «и», и со временем это звучание закрепилось в документах. Поэтому обе формы — Минлигулов и Минлегулов — по сути одна фамилия, и её носители, скорее всего, родственники или потомки людей из одного рода.

Основа фамилии — составное мужское имя Минлегул, которое в тюркской среде давалось мальчикам. Оно складывается из двух частей. Первая, Минле, восходит к татарскому слову со значением «с родинкой, имеющий родинку». В тюркской традиции родинка считалась особым знаком: бытовало поверье, что человек с родинкой отмечен судьбой, поэтому имя с таким значением давали как пожелание счастливой доли.

Вторая часть имени — Гул — представляет собой диалектный вариант древнетюркско-татарского имени Кул. Это слово многозначно: в разные эпохи оно означало «раб Аллаха», «товарищ», «спутник», «хлебопашец», «воин», «работник», «помощник», «представитель». В составе имён собственных Кул (и его формы Гул) чаще всего использовалось в религиозном смысле — как «раб Божий», то есть человек, посвятивший себя высшей воле.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для тюркских народов: к имени Минлегул добавили русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае выполняет функцию отчества. Таким образом, Минлигулов буквально означает «сын Минлегула». Фамилия закрепилась за потомками человека, которого звали Минлегул, и передавалась дальше по мужской линии уже как наследственное имя рода.

Стоит добавить, что фамилии с основой «Минле-» встречаются у татар и башкир, где имена с компонентом «мин» (родинка, знак) были довольно распространены. Встречаются и родственные фамилии — Минлегулов, Минлигулова (женская форма), а также похожие по строению Минлебаев, Минлегалиев, где вторая часть имени указывает на другое качество или имя.