Фамилия Миннегалеев — это не самостоятельная фамилия, а фонетический вариант более распространённой фамилии Миннегалиев. Такая замена гласной «и» на «е» во втором слоге возникла из-за особенностей произношения в татарском языке, где безударные гласные звучат неотчётливо. На письме это закрепилось в виде двух равноправных форм, которые встречаются в документах даже у близких родственников.

Обе фамилии образованы от мужского тюркского имени Миннегали. Это составное имя, и его части складываются в единый смысл. Первая часть — Минне — восходит к древнетюркскому слову «мин» со значением «родинка». В тюркской культуре родинка считалась особым знаком, поэтому имя с таким корнем давали ребёнку, у которого она была, или желали ему счастливой судьбы, отмеченной этим знаком. Вторая часть — «гали» — восходит к арабскому имени Али, которое означает «возвышенный», «великий». В составе имён эта часть часто служила для прославления и пожелания величия.

Получается, что имя Миннегали можно перевести как «отмеченный родинкой и возвышенный» или «обладающий родинкой великий». Имя было широко распространено у татар и башкир, и каждый, кто носил его, становился родоначальником фамилии для своих потомков. Сына Миннегали в русских документах записывали как Миннегалиев — по модели отчества с суффиксом -ев, который присоединялся к основе на мягкий согласный. Позже эта форма отчества закрепилась как фамилия, а её произносительный вариант Миннегалеев стал самостоятельной фамилией.

Суффикс -ев в фамилии указывает на прямое родство: первоначально это было отчество, то есть «сын Миннегали». Такой тип фамилий — самый распространённый у поволжских татар, которые после вхождения в состав Русского государства постепенно перенимали русскую модель образования семейных имён. В отличие от русских фамилий, где основой часто служило прозвище или мирское имя, здесь основой стало полное мусульманское имя, что говорит о сохранении религиозной и культурной традиции в семье.

Фамилия Миннегалеев встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане и в регионах с компактным проживанием татар, например в Оренбургской и Челябинской областях. Встречаются и другие варианты написания: Миннегалиев, Мингалеев, Мингалиев. Последние две формы возникли из-за стяжения имени в разговорной речи, когда звук «не» выпадал. Так что человек с фамилией Миннегалеев, скорее всего, имеет предков из волго-уральского региона, а его род восходит к человеку по имени Миннегали — обладателю родинки, которого родители нарекли в честь великого Али.