Фамилия Миннегалеева — фонетический вариант более распространенной фамилии Миннегалиева. Обе формы бытуют параллельно, и разница между ними лишь в произношении и написании конечной гласной основы: «а» вместо «и». Такое чередование типично для тюркских имен, адаптированных русской письменностью.

Основа фамилии — мужское тюркское имя Миннегали. Оно составное. Первая часть восходит к татарскому слову «минне» — «с родинкой», «имеющий родинку». В старину родинка считалась особым знаком, отметиной, поэтому имя с таким значением давали ребенку как пожелание счастливой судьбы или в знак выделенности среди других. Вторая часть — «гали» — арабского происхождения, означает «высокий», «великий», «возвышенный» и восходит к одному из имен Аллаха. Встречается во множестве тюркских имен (Гали, Галиев, Галиуллин), где подчеркивает достоинство и значимость.

Имя Миннегали было распространено у татар и башкир, особенно в среде мусульманского духовенства и зажиточных крестьян. От него образовывали фамилии по обычной для этих народов модели: к основе имени добавляли русский патронимический суффикс -ев (после мягкого согласного) или -ов. Так потомок человека по имени Миннегали получал фамилию Миннегалиев, а в разговорной речи, где конечный гласный звучал неотчетливо, форма закрепилась как Миннегалеев. Женский вариант Миннегалеева — это та же фамилия, переданная через женскую линию рода.

Фамилия несет в себе двойную память: о личном прозвище предка, отмеченного родинкой, и о его религиозной и культурной традиции, где имя соединяло тюркское народное и арабское книжное начала. Передаваясь из поколения в поколение, она сохранила это значение почти без изменений, и сегодня носитель фамилии может проследить свою родословную как минимум до XVIII–XIX веков, когда у татар и башкир начали массово закрепляться наследственные фамилии. В документах того времени встречаются обе формы — и Миннегалиев, и Миннегалеев, что подтверждает их давнее сосуществование.