Фамилия Минегареева образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от мужского имени или прозвища с помощью суффикса -ов/-ев, который в женском роде меняется на -а. В основе лежит мужская форма Минегареев, а та, в свою очередь, восходит к составному имени Минегарей.

Корень здесь — тюркский, скорее всего башкирского или татарского происхождения. Имя Минегарей (или Миннигарей) состоит из двух частей: «мин» (в переводе «родинка», «знак», «я») и «гарей» (арабское «достойный», «желанный», а также имя собственное, восходящее к основателю династии Гиреев). В тюркской антропонимике такие сложные имена с компонентом «гарей» были популярны: считалось, что имя принесёт ребёнку удачу и высокое положение. Таким образом, Минегарей можно истолковать как «мой достойный» или «желанный, как Гарей».

Фамилия Минегареева относительно редкая. Она типична для волго-уральского региона, где веками жили вперемешку татары, башкиры и русские. Встречается в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Носители фамилии — потомки тех, кто переходил из исламской ономастики в русскую фамильную систему после присоединения края к Русскому государству. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века такие фамилии фиксировали у тептярей, башкир-вотчинников и государственных крестьян, которые не были крепостными.

Интересная деталь: в некоторых говорах и старых записях фамилию могли писать через двойное «н» — Миннегареев, что точнее передаёт звучание исходного имени. Вариант с одним «н» — результат упрощения при русской записи. Встречаются и однокоренные фамилии: Минегалиев, Минебаев, где первая часть «мине» означает «мой» на татарском языке.