Фамилия Миралишоев — редкий пример фамилии, образованной от полного арабско-персидского составного имени с тюркским патронимическим суффиксом. Её основа — имя Миралишо, которое распадается на три части: мир (араб. «эмир, князь, господин»), Али (имя зятя пророка Мухаммада, одно из центральных в исламе) и шо (персидск. «шах, царь»). Буквально — «господин Али-шах», то есть «владыка, подобный Али». Такое имя давали в семьях, где почитали шиитскую традицию (особенно в среде исмаилитов), и оно указывало на религиозный авторитет, а не на светскую власть.

Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) — русский патронимический формант, который в XIX–XX веках добавляли к фамилиям народов Средней Азии при паспортизации. В самой таджикской или памирской среде фамилия звучала бы как Миралишоев, но в русском написании закрепилась именно такая форма. Географически фамилия почти целиком привязана к Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана (Памир) и к таджикской диаспоре. Носители — в основном памирцы (шугнанцы, рушанцы), для которых характерны фамилии на -ев/-ов, образованные от имён с религиозным оттенком.

В отличие от более частых Мирзоевых или Мирзошаевых, фамилия Миралишоев сохранила полную трёхчастную структуру имени, что говорит о её относительно позднем оформлении: в XIX веке такие сложные имена ещё давали, но к середине XX века они почти вышли из обихода. Других версий происхождения, кроме как от личного имени, у этой фамилии нет — ни профессиональной, ни топонимической. По сословной принадлежности предки могли быть как духовными лицами (пиры, ишаны), так и просто крестьянами-земледельцами, носившими престижное имя.