Фамилия Мирзагаянов образована от мужского тюркского имени Мирзагаян. Первая из них восходит к имени Мирза, которое в переводе с арабского означает «сын эмира (царя); белая кость; благородный, знатный, ценный». Вторая часть ведет свое начало от арабского имени Гаян – «известный, признанный, знатный», «заметный, видный». Таким образом, потомок человека, которого звали Мирзагаян, со временем получил фамилию Мирзагаянов.