Фамилия Мишаеква — редкая и необычная по своему строению. Её основа — мужское имя Мишай, которое является просторечной, народной формой канонического имени Михаил. В русских говорах имя Мишай встречалось как ласкательное или обиходное обращение к Михаилу, наряду с более привычными Миша и Мишаня. Суффикс -й в подобных именах (как Иван — Иванай, Пётр — Петрай) указывает на старую, часто диалектную традицию словообразования.

Самый неожиданный элемент фамилии — суффикс -еква. В русской ономастике фамилии на -еква встречаются крайне редко. Это нестандартная морфема, которая могла возникнуть в результате нескольких процессов. Первая версия: фамилия прошла через украинское или белорусское влияние, где суффикс -ек- (уменьшительный) сочетался с типичным для этих земель окончанием -ва (как в фамилиях Пилипенко — Пилипенков). Вторая, более правдоподобная гипотеза: исходная форма фамилии была Мишаев или Мишайков, но в результате диалектного искажения или ошибки писаря она превратилась в Мишаеква. В русских говорах, особенно на юге, звук [в] мог переходить в [к] или наоборот, а окончание -ов нередко заменялось на -ва.

По сути, фамилия Мишаеква означает «потомок Мишая» или «принадлежащий Мишаю». Если верна версия о диалектном происхождении, то предки носителя этой фамилии жили в зоне смешения русских и украинских говоров — вероятно, на территории современной Брянской, Курской, Белгородской областей или в приграничных районах Украины. Сословно такие фамилии чаще встречались у крестьян и мещан, так как дворянские роды оформлялись по более стандартным моделям.

Географически фамилия Мишаеква почти не встречается в современных базах данных — это говорит о её крайней малочисленности и, возможно, о том, что род сохранился в одном-двух сёлах. Сравнение с однокоренными фамилиями (Мишаев, Мишайкин, Мишайлов) показывает, что Мишаеква — не вариант написания, а самостоятельная, редкая форма, скорее всего, возникшая в результате местного произношения.