Фамилия Мишейкисы — один из редких примеров, где на слух слышится что-то литовское или латышское, и это не случайно. Форма на -ис, -ыс, -ас характерна для литовских фамилий. В данном случае окончание -ыс (в русской передаче) указывает на мужскую фамилию в именительном падеже, а вся фамилия, скорее всего, происходит от личного имени Мишейка — уменьшительной формы от Михаил (литовский аналог — Mykolas). Таким образом, Мишейкисы — это патроним: «сын Мишейкиса» или «потомок Мишейки».

Основа фамилии — Мишейк- — содержит типичный для восточнославянских и балтийских языков суффикс субъективной оценки -ейк-/-айк-. В литовском языке такие формы (например, Miškeika, Miškeikis) нередко означали «маленький Миша» или «Миша-сын». В русском контексте фамилия могла возникнуть на территории бывшего Великого княжества Литовского, где активно смешивались славянские и балтийские антропонимические модели. Носители фамилии Мишейкисы, вероятно, жили на границе современных Беларуси и Литвы, в регионе, где литовский язык и православная культура пересекались веками.

С точки зрения словообразования, это «фамилия-двойник»: внутренняя славянская основа (Михаил → Мишейка) получает литовское окончание -ыс. Подобные гибриды встречаются в польско-литовско-белорусском пограничье, где фамилии на -ис, -ыс фиксировались у шляхты и крестьян. Социальный статус предков определить сложно: такие фамилии носили и мелкие землевладельцы, и свободные крестьяне, но почти никогда — высшая аристократия. В современной России фамилия встречается крайне редко, чаще — в Литве и Беларуси, где сохранилась исходная форма Мишкейкис или Мишейкис.