Фамилия Мишей — редкий случай в русской ономастике. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, и её происхождение вызывает споры даже у специалистов. Самая вероятная версия: перед нами фамилия, возникшая из прозвища или нецерковного имени Миша в форме краткого прилагательного или существительного в именительном падеже. Такие фамилии (типа Глухой, Хитрый, Кречет) фиксировались в основном у непривилегированных сословий — крестьян и мещан, когда фамилию давали напрямую, без переделки в отчество. То есть Мишей могли прозвать человека, чем-то напоминавшего медведя (Миша — народная форма имени Михаил, ассоциирующегося с медведем), или того, кто работал с этими животными — например, вожака медведей на ярмарках.

Вторая, менее очевидная версия — что фамилия образована от топонима. В Беларуси и на западе России есть несколько небольших поселений с корнем «Миш» — например, деревня Мишейки или Миши. Если предки переселились оттуда, их могли записать по месту выхода: «Мишей» — то есть выходец из Мишей. Но в пользу этой гипотезы говорит только редкая окончание, характерное для фамилий польского или белорусского происхождения (сравните: Сенкевич, Мицкевич — но там суффикс -евич, а не чистое окончание).

Отдельно стоит отметить, что написание «Мишей» могло быть искажено при переписях. В XIX веке крестьянам часто давали фамилии на слух, и писарь мог записать «Мишей» вместо «Мишев» или «Мишин». Если это так, то исходная фамилия была патронимической — от имени Миша (уменьшительное от Михаил) с суффиксом принадлежности. Но на письме закрепился именно такой вариант, и он стал самостоятельным.

Географически фамилия Мишей встречается крайне редко, в основном на юге России и в Беларуси. В дореволюционных справочниках она почти не фигурирует, что подтверждает её локальный и, вероятно, поздний характер. Известных носителей с этой фамилией в истории нет, что неудивительно для редкого и, скорее всего, крестьянского рода.