Фамилия Мишкуров — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с именем, а с профессией или особенностью поведения. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «мишка» (медведь) и не уменьшительное от имени Михаил (Миша, Мишка). Словообразовательная модель указывает на суффикс -ур-, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно служит для обозначения деятеля: от «мишкать» или «мишурить». В диалектах северных и центральных губерний «мишкуром» называли того, кто мешкает, медлит, тянет время — человека неторопливого, а то и ленивого. Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с «мишурой» — тогда прозвище могло относиться к щёголю, любителю внешнего блеска, или, напротив, к тому, кто занимался изготовлением или продажей мишуры (позументных нитей и украшений). Обе гипотезы не противоречат друг другу: суффикс -ур- продуктивен для имён по роду занятий (ср. «пономарь»).

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: прозвище Мишкур → Мишкуров, то есть «сын Мишкура». Встречается она в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области, что косвенно подтверждает диалектное происхождение. В документах XVII–XVIII веков, например, в переписных книгах Соликамского уезда, фигурируют крестьяне с прозвищем Мишкур — это были люди, чьё основное занятие не требовало спешки: пастухи, бортники, рыбаки. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская: Мишкуровы не встречаются среди дворянских родов, внесённых в родословные книги. В отличие от более частых Мишуковых или Мишкиных, Мишкуров сохранил редкую суффиксальную форму, которая не даёт спутать его с «медвежьими» фамилиями.