Фамилия Мишкуракова — женская форма фамилии Мишкураков, и её главная загадка кроется в основе. В отличие от огромного числа русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или распространённых прозвищ, корень «мишкур-» явно не славянского происхождения. Скорее всего, перед нами тюркский след — наследие времён, когда русские и тюркские народы жили по соседству или в составе одного государства.

Наиболее правдоподобная версия возводит фамилию к тюркскому личному имени Мишкур или Мишкурак. В тюркских языках «миш» может означать «рысь» или «дикая кошка», а суффикс «-кур» или «-курак» часто придаёт имени значение «крепкий», «сильный» или указывает на принадлежность к роду. Таким образом, Мишкур — это, вероятно, «крепкий как рысь» или «сильный зверь». В русской среде такое имя превратилось в прозвище, а затем, по обычной модели, в фамилию: Мишкурак → Мишкураков.

Суффикс «-ов» в окончании фамилии (в мужском варианте Мишкураков) указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Мишкураков», то есть сын или потомок человека по прозвищу Мишкурак. Женская форма Мишкуракова, соответственно, означает «дочь или жена Мишкуракова». Такая модель была особенно распространена в центральных и южных регионах России, куда в XVI–XVII веках активно переселялись служилые люди и крестьяне из Поволжья, где тюркские имена были в ходу.

Географически фамилия Мишкуракова встречается редко и в основном фиксируется в регионах, где исторически был высок процент тюркского населения или активные контакты с ним: в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Татарстане. Это косвенно подтверждает версию о тюркском происхождении. Встречаются также варианты написания с одной «к» — Мишураков, но они менее характерны и могут быть результатом упрощения при записи в документах.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или казакам — именно в этих средах чаще всего сохранялись прозвищные фамилии, не связанные с дворянскими титулами или духовным званием. Дворянских родов Мишкураковых в дореволюционных гербовниках не зафиксировано.

Если отбросить тюркскую версию, можно предположить и чисто русское, но маловероятное происхождение: от прозвища Мишкура, данного человеку, который «мишкал» или «мишурил» — то есть медлил, копался (от диалектного глагола «мишкать»). Однако эта версия слаба, так как корень «мишкур» не встречается в русских говорах в таком значении, и фамилия не имеет параллелей в известных словарях русских прозвищ. Таким образом, тюркское происхождение остаётся основным и самым обоснованным.