Фамилия Миштугин — редкая и, на первый взгляд, с неочевидным корнем. Чтобы понять её происхождение, стоит начать с суффикса. Окончание -ин указывает на притяжательную модель: в основе лежит личное имя или прозвище, которое заканчивалось на -а или -я. Вопрос в том, что это за основа — Миштуга.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них распространён корень «миш» (например, в татарском или башкирском), который может означать «медный», «медь», а также встречается в именах и прозвищах. Суффикс -туг/туга может восходить к тюркскому «туг» — «знамя», «бунчук» (воинский штандарт). Тогда Миштуга — это сложное прозвище вроде «медное знамя» или, что более реалистично, прозвище человека с медным оттенком волос или кожи, либо мастера по меди, которого прозвали «медным значком». В тюркской ономастике подобные двухосновные прозвища не редкость.

Вторая, менее вероятная гипотеза — что Миштуга — это диалектная форма имени Михаил. В некоторых говорах «Миша» превращалось в «Миштук» или «Миштуга» через добавление экспрессивного суффикса -уг/-юг. Однако такая форма не фиксируется в известных словарях русских говоров, а фамилии на -угин (вроде Мишугин) обычно происходят от «Мишуга» — уменьшительного от Михаил. У вас же основа «Миштуг», что для русского уха звучит как заимствование.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречается она и у русских, и у татар, и у чувашей, что подтверждает версию о тюркском корне. Сословно предки Миштугины, скорее всего, были крестьянами или мастеровыми — прозвище, связанное с ремеслом или внешностью, типично для низших слоёв. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах нет.

Таким образом, фамилия Миштугин — это «сын Миштуги». А Миштуга, вероятнее всего, тюркское прозвище, данное меднику, либо человеку с медным цветом лица или волос.