Фамилия Мишухин образована от уменьшительной формы крестильного имени Михаил. В переводе с древнееврейского оно означает «равный, подобный Богу» — и это одна из самых распространенных основ славянских фамилий. От Михаила произошло множество форм: Миха, Миша, Михайло, Мишуха. Именно последний вариант, Мишуха, и лег в основу фамилии Мишухин, отвечая на вопрос «чей сын?» — сын Мишухи.

Суффикс -ин указывает на принадлежность, поэтому изначально фамилия означала «принадлежащий Мишухе» или «потомок Мишухи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен с конечным -а или -я: Мишуха → Мишухин, Гаврила → Гаврилин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в южных и восточных регионах, фамилии на -ин распространены повсеместно, но особенно характерны для северных русских земель.

Стоит отметить, что имя Михаил у славян всегда пользовалось особой любовью. Причина не только в библейской истории, но и в том, что Архангел Михаил считался защитником, воином, победителем злых сил. На иконах его часто изображают с тростью-копьем в одной руке и сферой-зерцалом в другой — символом предвидения, переданного Архангелу Богом. Известные иконописные сюжеты — «Чудо Архистратига Михаила в Хонех», «Явление Архангела Михаила Иисусу Навину», «Собор Архангела Михаила».

Архангел Михаил почитается небесным покровителем Архангельска, Киева и Сочи — он изображен на гербах этих городов. В Киеве в его честь освящен Михайловский златоверхий монастырь. Такое широкое почитание объясняет, почему имя Михаил давалось детям так часто, а его производные формы породили целый пласт фамилий: Михайлов, Мишин, Михалев, Мишутин и, конечно, Мишухин.

Любопытно, что фамилия Мишухин могла возникнуть независимо в разных регионах. В крестьянской среде имя Мишуха было обычным обиходным прозвищем, а в некоторых говорах слово «мишуха» имело и самостоятельное значение — так называли мишуру, блестящую нитку для украшения. Впрочем, эта версия менее вероятна: в основе фамилии почти наверняка лежит личное имя, а не название украшения.

Таким образом, носитель фамилии Мишухин может с уверенностью считать своим предком человека по имени Мишуха — так в быту называли Михаила. Сама фамилия сохранила живую народную форму имени, которая сегодня почти вышла из употребления, но продолжает звучать в фамилиях, напоминая о давней традиции именования.