Фамилия Мишутушкин — редкий пример, когда основа угадывается с ходу, а вот суффиксальная цепочка заставляет остановиться и разобрать её по косточкам. В ней отчётливо слышен корень Мишут-, который ведёт к имени Мишутка. Это старинная, ласковая форма от канонического имени Михаил. В русских говорах и в быту XVI–XVII веков Мишуткой называли не только медвежонка (позже это закрепил фольклор), но и любого мальчика или парня по имени Михаил. Фамилия, таким образом, происходит от крестильного имени в его уменьшительно-ласкательном виде — типичный случай для русского ономастикона.

Но главная особенность здесь — суффикс -ушк- внутри основы и финальный -ин. Модель «Мишута → Мишутка → Мишуткин» встречается, но Мишутушкин — это двойное уменьшение: сначала -ут- (суффикс, характерный для западнорусских и белорусских говоров, как в Савутка, Петрутка), затем -ушк- (уже общеупотребительный ласкательный). Притяжательный суффикс -ин указывает на то, что фамилия образована от прозвища или имени отца: «чей?» — Мишутушкин, то есть сын Мишутушки. Получается, что предка звали не просто Миша и не Мишка, а именно Мишутка или Мишутушка — форма, которая звучала особенно тепло и могла закрепиться за младшим сыном или за человеком небольшого роста.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России и к бывшим новгородским землям. Суффикс -ут- в личных именах (Игутка, Петрутка, Мишута) фиксируется в новгородских и псковских писцовых книгах XV–XVI веков. Позже носители фамилии могли расселиться, но первоначальный ареал — это район, где говорили на окающих говорах и сохраняли старые уменьшительные формы. Сословно фамилия крестьянская или посадская: дворяне Мишутушкины в истории не отмечены, что вполне логично для прозвища, образованного от простонародного варианта имени.

Любопытно, что у фамилии есть «двойник» — Мишуткин. Разница в один слог, но Мишутушкин — форма более редкая и архаичная. Если Мишуткин мог возникнуть в любом регионе, то Мишутушкин почти наверняка указывает на конкретную местную традицию произношения: имя Мишута (с ударением на первый слог) давало Мишутушка, а от него — фамилия с тройным уменьшением. Для носителя это не просто набор букв, а маркер того, что его предки жили там, где детей называли по-старинному, ласково и многоступенчато.