Фамилия Миснянкина — женская форма фамилии Миснянкин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ин (а не на -ов) указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на -а или -я. В основе лежит слово «миснянка» или «мисняк», которое в русских говорах имеет конкретное, почти ремесленное значение.

Корень «мис-» восходит к слову «миса» — так в южнорусских и украинских диалектах называли большую глубокую миску, чашу для еды. Соответственно, «мисняк» — это мастер, который делал мисы: гончар, специализировавшийся на столовой посуде, или, реже, торговец такой утварью. Суффикс -няк в словообразовании типичен для прозвищ по роду занятий (ср. «костяник» — торговец костями, «дегтярник» — тот, кто гнал дёготь). Таким образом, Миснянкин — это потомок человека, которого в округе знали как гончара по мискам.

Версия, что фамилия могла образоваться от уменьшительного имени (например, от канонического Мисаил, которое в народе звучало как Мисня), менее убедительна. Форма «Мисня» для имени Мисаил не зафиксирована в распространённых ономастических источниках, а связь с конкретным ремеслом прослеживается яснее. Географически фамилия тяготеет к регионам, где был развит гончарный промысел и где говорили «миса» — это юг России, Белгородская, Курская, Воронежская области, а также восток Украины.

В фамилии Миснянкина нет ничего от дворянского или книжного — это чисто народное прозвание, которое дали предку по его делу. Суффикс -к- в основе («миснянка») мог появиться как вариант прозвища жены мастера или как указание на принадлежность к его семье. Со временем форма с -к- закрепилась в фамилии, что не редкость для русских прозвищных фамилий, где суффиксальная игра давала разные варианты для одного корня.