Фамилия Миссеврина — редкий случай, когда написание почти наверняка подсказывает, как её правильно разбирать. Сразу бросается в глаза, что в основе лежит корень, оканчивающийся на -евр, а не на -ев. Это значит, что фамилия образована не по стандартной модели «отчество от имени Еврей» (которая дала бы ЕврЕев, а не Миссеврин), а от прозвища или имени, которое уже содержало сочетание «евр».

Самая вероятная версия: основа — старинное русское нецерковное имя или прозвище Миссевр. Второй элемент здесь — «севр» или «север», что в диалектах могло означать «северный ветер», «холод», а в переносном смысле — сурового, неприветливого человека. Первая часть «Мис-» — это, скорее всего, искажённое «Миша» или «Мисаил» (церковное имя). То есть Миссевр — это сложное составное прозвище вроде «Миша-Север» или «Мисаил Суровый». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Миссеврин — «сын Миссевра», «из рода Миссевров».

Географически фамилия почти не встречается за пределами центральной России, что характерно для редких прозвищных фамилий, не попавших в массовый крестьянский документооборот. В XIX веке носители фамилии, судя по доступным данным, были государственными крестьянами или мещанами — то есть людьми, чьи предки никогда не были крепостными и могли передавать необычное родовое прозвище без давления помещичьей канцелярии.

Альтернативная, но гораздо менее правдоподобная версия: от финского или карельского слова «missä» (где) и «veri» (кровь) — «где кровь?». Но для русской фамильной модели это совершенно нетипично, и никаких следов такой этимологии в документах нет. Поэтому держимся за «Миссевра»: это и объясняет редкое окончание, и даёт живой образ предка — человека с суровым нравом, за которым закрепилось прозвище «Север».