Фамилия Мистакиди — почти стопроцентный маркер греческого происхождения, причём не просто греческого, а понтийского или малоазийского. Формант -иди (или -ди) — один из самых распространённых патронимических суффиксов в новогреческом языке, особенно в тех регионах, которые исторически входили в Византию и Понт. Он указывает на принадлежность к роду: «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Если бы фамилия оканчивалась на -опуло (как Мистакопуло), это говорило бы о происхождении с Пелопоннеса, а -иди — типичный признак понтийских греков, бежавших из Малой Азии в Российскую империю в XVIII–XIX веках.

Основа «Мистак» (Μιστάκ) предположительно восходит к греческому слову «мустаки» (μουστάκι) — «усы». В таком случае прозвище Мистакис означало «усатый» или «обладатель заметных усов». Для антропонимии это обычный путь: внешняя примета становилась фамильным именем. Однако есть и другая версия: в некоторых диалектах понтийских греков «мистак» могло быть искажением от «мистикос» (μυστικός) — «тайный», «скрытый», что могло относиться к человеку, занимавшемуся секретной работой или просто замкнутому по характеру.

В России фамилия Мистакиди встречается почти исключительно в регионах, где компактно селились греки: Краснодарский край, Ставрополье, Крым, Ростовская область, а также в крупных городах, куда греки мигрировали в советское время. Встречаются варианты написания: Мистакиди, Мистакидзе (с грузинским суффиксом, если родственники жили в Грузии), а также Мистакидис — с полным новогреческим окончанием. В документах XIX века фамилию могли записать на слух без твёрдого знака на конце, что добавляет путаницы при поиске предков.

Социальный состав носителей был пёстрым: среди греческих переселенцев были и торговцы, и ремесленники, и крестьяне-табаководы. Но однозначно связать Мистакиди с каким-то одним сословием не получится — фамилия не несёт сословной окраски, а лишь указывает на этническое происхождение и, возможно, на внешность первого носителя.