Фамилия Мистаева — женская форма, а мужская — Мистаев. Её основа — имя или прозвище Мистай, которое и стало родовым. В русской традиции фамилии на -ев/-ов образуются от слов, оканчивающихся на -й, поэтому Мистаев — типичная патронимическая модель: «чей?» — Мистаев, то есть потомок Мистая.

Происхождение имени Мистай неочевидно, и здесь возможны два пути. Первый — тюркский корень. В языках народов Кавказа и Поволжья есть слова, близкие к «мист» или «миста», — например, в осетинском «мист» означает «мышь». Прозвище могли дать юркому, мелкому или незаметному человеку (такие зооморфные прозвища в прошлом были обычны). Второй вариант — арабское или персидское влияние через ислам: имя Мустафа (избранный) в устной речи могло сокращаться до Мистай. Для Кавказа, где фамилия встречается чаще всего (особенно в Ингушетии и Чечне), оба объяснения правдоподобны, но первое — бытовое прозвище — кажется более простым и типичным для крестьянской среды.

Суффикс -ев указывает на то, что фамилия сложилась в русской языковой среде или под её влиянием: нерусские народы, входя в состав империи, часто получали фамилии по русской модели. Так Мистай превратился в Мистаева. Важно, что это не дворянская фамилия: патронимы на -ов/-ев в массе своей принадлежали крестьянам, мещанам и казакам. Сословных привилегий за ней не числится.

Сегодня Мистаева — редкая фамилия, её носители в основном живут на Северном Кавказе и в среде выходцев оттуда. Встречается она и у осетин, что подтверждает версию с «мышью»: осетинский язык сохранил этот корень, а прозвища по животным были распространены повсеместно.