Фамилия Мустакиди — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти не встречается в центральных областях России, а её корни уходят на юг, в греческую диаспору Причерноморья и Крыма. Основа фамилии — греческое слово «мустаки» (μουστάκι), что означает «усы». Суффикс «-иди» (или «-ди») — типичный греческий патронимический формант, соответствующий русскому «-ов» или «-ин». Таким образом, Мустакиди — это «сын усатого», «потомок человека с усами». Носитель такой фамилии, скорее всего, происходил из семьи, где прозвище «Усатый» закрепилось за предком как отличительный признак.

В Российской империи греческие фамилии на «-иди» массово появились после переселений греков из Османской империи в Новороссию и Крым в XVIII–XIX веках. Мустакиди могла принадлежать торговцу, ремесленнику или моряку — типичным занятиям греческих колонистов. В отличие от русских фамилий, где прозвище «Усов» или «Усатов» также встречается, греческий вариант сохраняет архаичную форму родительного падежа: «из рода усатого». Интересно, что в самой Греции фамилия могла звучать как «Мустакас» или «Мустакис», а суффикс «-иди» указывает на выходцев из Малой Азии или Понта.

Сегодня Мустакиди — фамилия штучная. В современных российских справочниках она практически не фиксируется, что говорит либо о малочисленности рода, либо о смене фамилии потомками в советское время. Встретить её можно разве что в архивах греческих общин Краснодарского края или в списках репатриантов в Грецию. Социальный статус предков-носителей, скорее всего, был невысоким: прозвище «усатый» давали простым людям, а не дворянам. Таким образом, Мустакиди — не аристократическая, а сугубо народная греческая фамилия, застывшая в паспортах как память о внешности далёкого пращура.