Фамилия Мустаков образована от личного прозвища Мустак и относится к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ов». Этот суффикс указывал на принадлежность роду человека: Мустаков буквально значит «сын Мустака», «из семьи Мустака». Скорее всего, прозвище происходит от церковнославянского слова «мустаки» — «усы». Так могли назвать человека с пышными, заметными усами. Прозвище, указывающее на внешность, было простым и наглядным способом выделить человека среди соседей, поэтому подобные именования встречались часто.

Менее вероятно, что в основе лежит эстонское слово must — «черный, темный, вороной». Тогда прозвище могло указывать на темные волосы или смуглую кожу предка. Эта версия правдоподобна только в том случае, если предки жили в регионах тесного русско-эстонского контакта, например, на северо-западе России или в Прибалтике. Без генеалогических данных проверить её сложно, но полностью отбрасывать не стоит.

Есть и третья гипотеза, связанная с немецким словом Must — «муст», то есть сладкое молодое виноградное сусло, еще не перебродившее вино. Если принять эту версию, прозвище Мустак мог получить винодел, и тогда оно относится к «профессиональным» именованиям, указывающим на род занятий. Однако эта версия наименее вероятна: для русских фамилий, возникших в крестьянской и посадской среде, обращение к немецкому винодельческому термину было бы необычным, если только предок не жил в южных губерниях или в среде немецких колонистов.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и прозвище Мустак могло закрепиться в разных регионах независимо. Сама фамилия встречается редко, что типично для прозвищных именований, не связанных с крестильными именами. Тем не менее, Мустаковы — это живой пример того, как простое слово, описывающее внешность или занятие человека, превратилось в родовое имя, которое сохранилось через поколения.