Фамилия Мустакимов относится к древнему пласту восточных фамилий, которые вошли в русскую среду вместе с тюркскими народами — выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами. Корни такой фамилии уходят в XV–XVII века, когда инонациональные основы активно проникали в состав русских фамилий. Этому способствовал исторический факт: многие дворяне в России по своему происхождению были нерусскими, и их имена, прозвища и титулы постепенно адаптировались к местной традиции именования.

Основа фамилии — личное имя Мустаким, и здесь исследователи расходятся в толковании. По одной версии, оно восходит к двум восточным именам: Мустафа («избранный, самый чистый, превосходящий других») и Аким («знающий, мудрый»). По другой, более прямой, — к татарскому слову со значением «прямой», «истинный, верный», а также «дорогой, любимый». Вторая трактовка выглядит правдоподобнее: она не требует сложного сращения двух разных корней и опирается на реально существующую арабско-тюркскую лексику, где корень «мустаким» означает «прямой путь», «правдивость».

Сведения о восточном происхождении родоначальника Мустакимовых подтверждаются самим именем, которое легло в основу фамилии. Такие имена давали не случайно: за ними стояло пожелание ребенку честной, прямой жизни, верности слову. Суффикс -ов, добавленный к основе, — стандартный русский способ образовать фамилию от имени отца, так что Мустакимов буквально означает «сын Мустакима».

Фамилия эта — не просто реликт восточной культуры в русском ономастиконе, а живой памятник письменности и традиций, сохранивший память о человеке, чье имя несло в себе высокий нравственный смысл.