Фамилия Мустякимов — редкий случай, когда русская фамилия образована от арабского имени через тюркское посредничество. В её основе лежит мужское имя Мустаким, которое восходит к арабскому «мустаким» — «прямой», «правильный», «идущий верным путём». В исламской традиции это один из эпитетов, связанных с праведностью и честностью. Суффикс -ов указывает на классическую русскую модель образования фамилий: «чей?» — «сын Мустакима». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был потомком человека по имени Мустаким.

Интересная деталь — написание через «ю», а не через «у». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) имя Мустаким часто произносится с мягким «м» и звуком, близким к «ю», что на письме и отразилось. Фамилия Мустякимов, а не Мустакимов, выдает региональное происхождение: скорее всего, предки жили в Волго-Уральском регионе или в Крыму, где были сильны тюркские диалекты. В официальных документах XIX века могли записать на слух, поэтому в одной семье встречаются варианты Мустякимов и Мустакимов.

Словообразовательная модель здесь простая, но показательная. Фамилия не имеет второго суффикса (как, например, -ский или -ин), что типично для фамилий, оформленных в русскую систему уже в XVIII–XIX веках, когда крестьянам и мещанам массово давали фамилии по отцу. Отсутствие дворянского суффикса и тюркский корень указывают на сословное происхождение: предки, вероятно, были государственными или ясачными крестьянами, ремесленниками или торговцами из татарской или башкирской среды.

В ономастических справочниках фамилия не описана подробно, но её можно сравнить с более частыми однокоренными: Мустафин, Мустакимов, Мустаев. Все они идут от арабских имен с корнем «муст-» (избранный, прямой). Мустякимов — самый редкий вариант, возможно, из-за того, что имя Мустаким само по себе не было широко распространено в крестьянской среде. Сегодня фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане и в диаспорах Средней Азии, но носителей немного — не более нескольких сотен человек по России.