Фамилия Мустяков образована от прозвища или имени Мустяк. Основа здесь — тюркское слово «муста» (от арабского «мустафа» — избранный). В татарском, башкирском, казахском языках имя Мустафа и его производные (Мустай, Мустяк) широко распространены. Суффикс -як в тюркской среде часто придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок: Мустяк — это «маленький Мустафа» или «Мустафа, которого ласково зовут».

Фамилия построена по русской модели с патронимическим суффиксом -ов. Это значит, что предка, которого в быту звали Мустяком, его дети и внуки записали как «Мустяковы» — то есть «сыновья Мустяка». Такая схема типична для фамилий, возникших в XVI–XIX веках на территориях, где русское население соседствовало с тюркским: в Поволжье, Приуралье, на юге Сибири. Мустяковы могли быть как крещёными татарами, так и русскими, перенявшими тюркское прозвище.

Интересно, что фамилия встречается в двух написаниях — Мустяков и Мустяков. Второй вариант с ударением на последний слог (Мустяко́в) может указывать на украинское или белорусское происхождение: в этих языках фамилии на -ко, -ков нередко фиксировали прозвища по той же основе. Но основной массив носителей — русские из Татарстана, Башкирии, Оренбургской области.

Редкая деталь: в некоторых переписях XIX века фамилия записывалась как «Мустяковъ» с твёрдым знаком на конце, что типично для дореволюционной орфографии. После реформы 1918 года написание упростилось, но в документах той эпохи можно встретить оба варианта.

По сословной принадлежности предки Мустяковых чаще всего были государственными крестьянами или однодворцами — то есть не крепостными, а лично свободными земледельцами. Это объясняет, почему фамилия не привязана к конкретному поместью или региону: её носители жили разрозненно, но сохраняли общую тюркскую основу.