Фамилия Мусяков — из тех, где основа ясна, а вот точное значение приходится восстанавливать по косвенным данным. В её центре лежит имя или прозвище Мусяк. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Матвей (в его народном варианте Матюша, Мотя) или от Михаила (Миша, Мисаил). Суффикс -як в русских прозвищах часто придавал оттенок просторечия и принадлежности к определённой среде: Мусяк — «маленький Мотя» или «сын Миши». Фамилия образована по стандартной модели на -ов, то есть буквально «сын Мусяка».

Реже, но не менее вероятно, что Мусяк — прозвище, данное по внешности или повадке. В южнорусских и украинских говорах «мусюкать» означало мямлить, невнятно говорить, а «муся» — нечто пасмурное, хмурое. Так могли прозвать медлительного, угрюмого человека или того, кто «мусолил» слова. В таком случае фамилия Мусяков — прозвищная, и её носитель мог быть потомком человека с характерной речевой или поведенческой особенностью.

География фамилии указывает на Поволжье и центральные области России. Встречается она нечасто, что типично для фамилий, образованных от редких или диалектных прозвищ. В документах XVII–XVIII веков Мусяковы фиксируются среди служилых людей и однодворцев — то есть не в крепостной массе, а среди тех, кто нёс военную или сторожевую службу на южных рубежах государства.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мусюков, Мусин, Мусорин — показывает, что корень «мус-» в русской ономастике многозначен: от тюркского имени Муса (библейский Моисей) до диалектного «мусля» (копун). Мусяков, скорее всего, стоит особняком: его основа более «ласковая», уменьшительная, что указывает на семейное или бытовое происхождение прозвища, а не на заимствование из восточных языков.

Таким образом, предки современных Мусяковых могли быть либо потомками человека по имени Матвей или Михаил, которого в семье звали Мусяком, либо выходцами из среды, где меткое прозвище закреплялось за родом по поведенческому признаку. Точнее сказать трудно: фамилия редкая, и письменные источники по ней скудны.