Фамилия Мусякаев — редкий пример фамилии, образованной от тюркского имени с помощью русского патронимического суффикса -ев. Основа здесь — мужское имя Мусякай, которое в тюркских языках (вероятнее всего, татарском, башкирском или казахском) состоит из двух частей: «муса» (арабское имя Муса, библейский Моисей) и уменьшительно-ласкательного аффикса -кай/-кей. В таком случае Мусякай — это «маленький Муса» или «Мусенька», что типично для тюркской антропонимии, где к именам пророков и святых добавляли ласкательные суффиксы.

Другая, менее вероятная версия возводит корень к слову «мусяк» — в некоторых диалектах так называли человека с мягким, нерешительным характером (от тюркского «мус» — рог, в переносном смысле «упрямец», но форма с -як- сомнительна). Однако первая версия надёжнее: в ономастике фамилии на -каев (-кеев) почти всегда указывают на основу-имя, а не на прозвище.

Суффикс -ев вместо -ов появляется после мягких согласных (в данном случае — после -й). По модели образования фамилия аналогична Ахметкаев, Ибрагимкаев, Хасанкаев. Носители фамилии Мусякаев, скорее всего, происходят из поволжских татар или башкир, где такие формы были распространены в XIX веке при переходе от отчества к наследственной фамилии.

Географически фамилия встречается точечно: несколько семей зафиксированы в Оренбургской области и Башкортостане, единичные — в Татарстане. В дореволюционных метрических книгах Мусякаевы могли записываться как крещёные татары (кряшены) или как мусульмане — точных данных нет, но суффикс -ев скорее указывает на русскую паспортную канцелярию, а не на внутреннюю мусульманскую традицию.

Редкость фамилии делает её ценной для генеалогического поиска: если вы Мусякаев, ваши предки почти наверняка жили в одном из трёх-четырёх сёл на южном Урале, и восстановить родословную можно по церковным книгам конца XIX века.