Фамилия Мусякова — женская форма, а разговор о ней стоит начинать с мужского варианта Мусяков. Эта фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе, в данном случае прозвищу или имени Мусяк, добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. В буквальном смысле Мусяков — «сын Мусяка» или «человек из рода Мусяка».

Самое интересное — что скрывается за основой «Мусяк». Тут есть две правдоподобные версии, и обе ведут в мир неофициальных имён и прозвищ, которыми на Руси награждали людей до повсеместного введения фамилий. Первая и самая прямая: Мусяк — это производная форма от крестильного имени Мусей. Имя Мусей (церковная форма — Мусий) имеет греческие корни и означает «муза» или «мусический», то есть «посвящённый музам». В народе такие имена часто сокращали и «обкатывали» до ласкательных или обиходных форм — так из Мусей получился Муся, а затем и Мусяк (с суффиксом -ак, который мог придавать оттенок принадлежности или просто закреплять новое имя).

Вторая версия, не менее убедительная, отталкивается от тюркских языков. Слово «мусяк» (или «мюсяк») в ряде тюркских диалектов означало «усы», а иногда и «усатый человек». Учитывая, что прозвища по внешним приметам (Ус, Усатый, Борода) были крайне распространены в русской среде, а территории, где русские плотно контактировали с татарами и башкирами, дали много фамилий с тюркскими корнями, этот вариант тоже имеет право на жизнь. Версия с усами проще и бытовее, версия с именем Мусей — более книжная и церковная. Какая из них верна для конкретной семьи — без генеалогического исследования не скажешь, но обе не редки в ономастике.

Географически фамилия Мусяков (и, соответственно, Мусякова) не привязана к какой-то одной узкой области. Она встречается и в центральных регионах России, и в Поволжье, и на Урале. Встречаемость невысокая — это не массовая фамилия вроде Иванова, а скорее редкая, что делает её более ценной для носителя: она хорошо сохраняет память о конкретном прозвище или имени предка. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в среде великорусского крестьянства или служилых людей, а не в дворянской среде (там чаще встречались фамилии на -ский).

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшие родственники — фамилии Мусин, Мусиев, Мусякин. Все они восходят к тому же корню «Мус-», но с разными суффиксами, что меняло оттенок значения: Мусин — более прямой патроним («сын Мусы»), а Мусяков — результат более сложного словообразования через промежуточное прозвище.