Фамилия Мустакимова происходит от мужского личного имени Мустаким, которое восходит к арабскому корню со значением «прямой», «истинный», «верный». В татарской среде это имя осмыслялось также как «дорогой» или «любимый». Таким образом, фамилия буквально отвечает на вопрос «чей?» — то есть потомок человека по имени Мустаким.

Сама модель образования проста и типична для тюркских народов Поволжья: к основе Мустаким добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем и окончание -а, указывающее на женскую линию рода. Мужской вариант — Мустакимов. Такая схема закрепилась в XIX веке, когда у татар начали массово фиксировать фамилии по отцу, часто с использованием русской грамматики.

Имя Мустаким — не случайное. Оно входит в число имён, образованных от арабского эпитета «аль-мустаким», который встречается в Коране как характеристика прямого, правильного пути. В исламской традиции это одно из похвальных качеств, поэтому имя давали с пожеланием, чтобы человек держался правды и не сворачивал с верного пути. Очевидно, что первый носитель имени пользовался уважением за честность или твёрдость характера.

Процесс формирования фамилий у татар шёл неравномерно. У городских слоёв и духовенства фамилии появились раньше, у сельских жителей — позже, иногда только в начале XX века. Поэтому точно сказать, когда именно возник род Мустакимовых и где это произошло, можно лишь после обращения к генеалогическим источникам: ревизским сказкам, метрическим книгам или спискам переселенцев.

Встречается фамилия преимущественно в регионах с татарским населением — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Однако из-за миграций XX века отдельные ветви могли осесть и в других частях страны, так что география не всегда помогает установить исходную точку.

Стоит заметить, что имя Мустаким не следует путать с более известным Мустафа или Мустафин — это разные основы, хотя и родственные по арабскому происхождению. Фамилия Мустакимова сохраняет в себе редкое для русского уха сочетание звуков, которое сразу выдаёт её восточные корни и напоминает о многовековой связи тюркской и славянской культур.