Фамилия Мустакаева — женская форма фамилии Мустакаев, которая образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени через суффикс -ев (вариант суффикса -ов после мягких и шипящих согласных). Основа здесь — тюркское слово «мустак» или «мустака», которое в разных диалектах означает «усатый», «обладающий большими или заметными усами».

Вероятнее всего, родоначальник фамилии получил прозвище Мустака — то есть человек с пышными, длинными или необычными усами. В тюркской среде такие прозвища были распространены: усы считались признаком мужественности, зрелости, порой — воинской доблести. Слово восходит к арабскому «мустак» (от «ша’р» — волосы), но в тюркских языках закрепилось в значении «усы».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским именем Мустак (редкая форма, означающая «избранный», «предпочтённый»). Однако в таком случае фамилия скорее имела бы окончание -ов, а не -ев, если бы имя оканчивалось на твёрдый согласный. Форма Мустакаев указывает на мягкую или йотированную основу, что характерно именно для прозвища на -а.

Фамилия имеет отчётливую региональную привязку: она характерна для народов Поволжья и Приуралья — татар, башкир, отчасти чувашей. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков фамилии на -ев от тюркских прозвищ фиксировались у служилых татар и ясачных крестьян, которые позже вошли в состав мещан и купечества. Мустакаевы могли быть как рядовыми общинниками, так и представителями тюркской служилой знати, получившей земельные наделы.

В современном русском языке фамилия склоняется по правилам притяжательных прилагательных: Мустакаева, Мустакаевой, Мустакаеву. Ударение, судя по типичному произношению, падает на второй слог: Муста́каев.