Фамилия Мустафиди — яркий пример того, как восточное имя, пройдя через греческую языковую среду, закрепилось в русском быту. Её основа — арабское имя Мустафа (буквально «избранный», один из эпитетов пророка Мухаммеда). Ключевая особенность здесь — суффикс -иди, который нехарактерен для русских фамилий, образованных от тюркских или персидских корней. Этот суффикс указывает на греческое посредничество: в греческом языке фамилии с окончанием -идис (или -иду) — одни из самых распространённых, особенно у понтийских греков. Таким образом, Мустафиди — это не «сын Мустафы» в тюркском смысле (что дало бы фамилию Мустафаев), а грецизированная форма, означающая «потомок Мустафы» или «принадлежащий к роду Мустафы».

Носители фамилии Мустафиди — это, скорее всего, греки, жившие на территории бывшей Османской империи (в Малой Азии, Причерноморье) или в Крыму, где смешение культур было особенно сильным. В Российской империи многие понтийские греки переселялись на юг России, в Приазовье, на Кубань и в Закавказье. Поэтому география фамилии сегодня — это Краснодарский край, Ростовская область, Ставрополье, а также Греция и страны бывшего СССР с греческими диаспорами.

Словообразовательная модель проста: корень Мустаф- + греческий суффикс -иди. В русском языке фамилия склоняется по образцу существительных на -а: Мустафиди, Мустафиди, Мустафидой. Важный момент: ударение, скорее всего, падает на последний слог — Мустафидú, что тоже типично для греческих фамилий в русской передаче.

Споров о происхождении здесь почти нет. Версия о том, что фамилия могла возникнуть от прозвища «Мустафид» (например, от арабского «мустафид» — «полезный», «приносящий пользу»), маловероятна, так как суффикс -иди чётко указывает на греческую модель, а не на арабскую. Это именно патроним, застывший в греческой форме. В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, такие фамилии рассматриваются как примеры «греческого следа» в русском ономастиконе, хотя сам автор фамилию Мустафиди отдельно не выделял — она относится к редким, но показательным случаям.