Фамилия Мустафиев — это фамилия-памятник, которая хранит память о мусульманском имени, популярном на огромной территории от Кавказа до Средней Азии. В её основе лежит имя Мустафий, которое является одной из форм знаменитого имени Мустафа. С арабского это имя переводится как «избранный», «самый чистый», «превосходящий других», и это один из эпитетов пророка Мухаммеда, что объясняет его широкую распространённость и особое уважение к нему.

Формирование фамилии шло по классической для тюркских и кавказских народов модели: к имени отца добавляли русский патронимический суффикс -ев, который присоединялся к основам, оканчивающимся на -ий. Так из имени Мустафий возникла фамилия Мустафиев, означавшая буквально «сын Мустафия». Потомок человека, которого звали Мустафий, со временем получал фамилию Мустафиев, и это наследование закреплялось за его детьми и внуками уже как родовое имя.

Интересно, что в русском языке закрепилось два варианта написания: Мустафиев и Мустафеев. Первый вариант точнее передаёт исходное имя Мустафий, тогда как второй возник под влиянием более распространённой формы Мустафа. Обе формы встречаются в документах, и это не ошибка, а отражение живой традиции имянаречения, где имя бытовало в разных произносительных вариантах.

Безусловно, фамилия Мустафиев представляет собой замечательный памятник восточной культуры, но процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Носители этой фамилии встречаются среди татар, башкир, азербайджанцев, народов Дагестана и Чечни, и в каждом регионе фамилия закреплялась в своё время. Поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения конкретной ветви рода Мустафиевых можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, которые учитывают и географию, и историю семьи.