Фамилия Митрофанов — из числа русских фамилий, образованных от крестильного имени. Основа здесь — каноническое имя Митрофан (церковная форма — Митрофаний), которое пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка. Значение имени чаще всего передают как «слава матери» или «найденный матерью»: в греческом слове угадываются корни, связанные с матерью и явлением, обретением. Есть и версия, что смысл имени — «матерью явленный», что по духу близко к «найденному». В любом случае имя считалось благодатным: полагали, что на крещёного под ним младенца снисходит Божественная благодать.

В православном месяцеслове имя Митрофан закреплено за двумя святыми покровителями. Первый — святитель Митрофан, патриарх Константинопольский, живший в IV веке; его память отмечают 17 июня. Второй — святитель Митрофан Воронежский, епископ конца XVII — начала XVIII века, которого почитают 20 августа и 6 декабря. Этот святой известен твёрдостью в вере и долгой насыщенной жизнью, что тоже придавало имени дополнительный вес в народной среде.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русского ономастикона: к основе Митрофан прибавили суффикс принадлежности -ов. Так сын человека по имени Митрофан получал отчество Митрофанов, которое со временем закрепилось как наследственная фамилия. Похожим образом строились и другие фамилии от календарных имён, поэтому Митрофановы стоят в одном ряду с Ивановыми, Петровыми, Васильевыми.

Есть и менее вероятная гипотеза, которую иногда приводят в популярной литературе: будто фамилия восходит к отчеству Митрофанович, образованному от просторечных форм Митроха, Митрошка, Митряй, производных от имени Дмитрий. Это объяснение выглядит натянутым: формы Митроха и Митрошка естественнее выводятся из Митрофана, а не из Дмитрия. Поэтому основная версия — происхождение от канонического Митрофана и его уменьшительных форм, включая ласкательное Митрофанушка, — гораздо правдоподобнее.

В истории России известен дворянский род Митрофановых, ведущий начало с XVII века. В «Общем гербовнике дворянских родов Всероссийской империи» сказано, что Митрофановы «Российскому престолу служили дворянския службы … и жалованы были от Государей в 7128 (то есть в 1620 году по современному летосчислению) и других годах поместьями». Герб рода внесён в 7-ю часть «Гербовника». Описание его примечательно: верхняя левая часть разрезана перпендикулярно, на золотом и красном фонах изображена шестиконечная звезда; во второй части на голубом фоне — золотой лев, в третьей на голубом — скрещённые серебряные мечи, а в четвёртой на серебряном фоне — красная крепость. Такая геральдика говорит о военной службе предков и их верности престолу.

Из носителей фамилии, оставивших след в культуре, выделяется советский шахматный композитор, международный арбитр по шахматной композиции Леопольд Адамович Митрофанов (1932–1992). Среди современников — протоиерей Георгий Николаевич Митрофанов (род. в 1958 году), священник Русской Церкви и церковный историк; политик, депутат Государственной думы Алексей Валентинович Митрофанов (род. в 1962 году); краевед и писатель Алексей Геннадиевич Митрофанов (род. в 1967 году), автор книг по истории городов и повседневной жизни прошлого.

Так что фамилия Митрофанов — это не просто отсылка к имени предка, а целый пласт русской истории: от византийских корней имени до дворянских гербов и современных известных носителей.