Фамилия Мизанбекова — редкий пример, в котором тюркский корень соединился с русским патронимическим суффиксом. В основе лежит мужское имя Мизанбек. Оно составное: первая часть восходит к арабскому «мизан» (весы, мера, справедливость), вторая — тюркское «бек» (князь, господин, предводитель). В буквальном прочтении имя Мизанбек означало «справедливый правитель» или «князь, соблюдающий равновесие» — имя-пожелание, характерное для мусульманских культур Средней Азии и Кавказа.

Суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской среде, скорее всего, во время переписи или при получении документов. Это типичная модель для фамилий, возникших у народов, вошедших в состав Российской империи в XIX — начале XX века: к местному имени добавляли русское окончание, чтобы вписать его в официальную систему.

Географически фамилия Мизанбекова скорее всего происходит из регионов с тюрко-мусульманским населением — Татарстана, Башкортостана, Казахстана или Дагестана. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании: носители, вероятно, потомки одного рода, восходящего к конкретному человеку по имени Мизанбек.

Ударение, судя по законам русского языка, падает на третий слог: Мизанбе́кова. В исходном имени ударение могло быть на последнем слоге (Мизанбе́к), но при русификации оно сместилось по аналогии с другими фамилиями на -ов.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Мизанов (от того же «мизан», но без титула «бек») встречается чаще. Мизанбекова стоит в ряду таких составных фамилий, как Алибеков, Назарбеков, Уразбеков, где вторая часть указывает на знатное происхождение предка.