Фамилия Мижаева — женская форма фамилии Мижаев, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Мижаев звучит нехарактерно для русской ономастики: в ней нет типичных русских суффиксов -ов/-ев или -ин, а основа «Мижа-» явно нерусская. Это сразу подсказывает, что корни фамилии — в тюркских или кавказских языках.

Скорее всего, фамилия образована от имени Мижа (Миджа, Мижах). В тюркских языках имя Мижа может восходить к слову со значением «родинка» или «метка» — такие антропонимы были распространены как обереги (чтобы злые духи не заметили ребёнка). Другая версия связывает основу с арабским именем Миджа (через «джим»), которое встречается у народов Кавказа (например, у чеченцев или ингушей). В этом случае фамилия означает «потомок Мижи» и строится по модели, типичной для вайнахских фамилий: имя + суффикс принадлежности (в русском оформлении — «ев»).

Меньше оснований считать, что Мижаев — это искажённая русская фамилия от слова «миж» (диалектное «межа»). Такая версия правдоподобна только при условии, что в основе лежит прозвище Миж (человек, живший на меже), но тогда фамилия должна была писаться через «е» — Межаев. Написание через «и» указывает на иноязычное происхождение.

Географически фамилия Мижаева редкая и встречается в основном в Дагестане, Чечне и среди тюркских народов Поволжья. В русских регионах она почти не бытует. Это значит, что предки носителей фамилии, скорее всего, были горцами или степняками, а сама фамилия закрепилась в документах при переписях XIX — начала XX века, когда инородцам давали русские окончания.