Фамилия Мизилина — женская форма от Мизилин, а та, в свою очередь, образована через суффикс -ин от прозвища или мирского имени Мизила. Ключевой вопрос здесь — что такое «Мизила»? Наиболее правдоподобная версия выводит эту основу из диалектного глагола «мизить» или «мизюкать», который в русских говорах означал «щуриться», «жмуриться», «глядеть прищурясь». Соответственно, Мизилой могли прозвать человека, который постоянно щурился — либо из-за плохого зрения, либо по привычке. В говорах встречается и слово «мизюн» — «плакса», «нытик», что даёт вторую гипотезу: прозвище могли дать капризному или обидчивому ребенку. Оба значения бытовые, а не книжные, что типично для крестьянских прозвищ, лёгших в основу фамилий.

Модель образования — «чистая» патронимическая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Мизилин, то есть сын Мизилы). Такие фамилии в центральной России и на Русском Севере встречаются чаще, чем на юге, где предпочитали суффикс -енко. В современных справочниках Мизилины встречаются редко, но не единично — фамилия не угасла, хотя и осталась в разряде малочисленных. Географически её следы ведут в основном в Вологодскую, Архангельскую и Кировскую области — те самые регионы, где диалектная лексика сохранялась дольше всего.

Сравните с однокоренными фамилиями Мизюрин, Мизюков, Мизин — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Мизилина стоит в этом ряду как форма с уменьшительным или пренебрежительным оттенком: суффикс -л(а) в прозвищах часто придавал сниженную, просторечную окраску (ср. «зубрила», «крутила»). То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был не просто щурившимся, а тем, кого за эту черту дразнили — и прозвище закрепилось.

Никаких документальных подтверждений дворянского происхождения у Мизилиных нет. Фамилия — из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давали по внешности или поведению, а не по ремеслу или месту. Если искать самый резонный вариант: Мизилины — потомки человека, которого в деревне называли «Мизила» за привычку щурить глаза.