Фамилия Мизилькова — женская форма, мужская — Мизильков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Мизиль, которое могло быть образовано от диалектного слова «мизиль» — «мелкий, незначительный человек» или, в некоторых говорах, «мизинец». В русских говорах слово «мизюрь» означало «малорослый, слабый», а «мизгать» — «мельтешить, суетиться». Скорее всего, Мизилем в крестьянской среде называли невысокого, щуплого или суетливого мужчину.

Суффикс -к- в основе Мизильк- указывает на уменьшительно-уничижительную форму: Мизилька — «маленький Мизиль». А фамильный суффикс -ов в мужском варианте Мизильков — стандартная русская патронимическая модель, означавшая «сын Мизилька». То есть Мизильковы — потомки человека по прозвищу Мизиль или Мизилька.

Фамилия редкая. По косвенным данным, основные очаги бытования — южнорусские и поволжские регионы, где диалектная лексика с корнем «миз-» встречается чаще. В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии Мизюрев, Мизгирев, что подтверждает живую традицию прозвищ от «мелкого» корня.

Мужской вариант Мизильков мог возникнуть и как «географическая» фамилия — от названия деревни Мизильково, если такая существовала. Но в доступных списках населенных пунктов России подобное название не зафиксировано, поэтому версия с прозвищем остается основной.

Сословная принадлежность Мизильковых, скорее всего, крестьянская или мещанская. Фамилия не дворянская, не книжная и не семинарская — она сложилась в народной среде, где прозвища давали по внешним или поведенческим чертам.