Фамилия Мизинкова — женская форма мужской фамилии Мизинков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Мизинок, а оно, в свою очередь, восходит к слову «мизинец». В древнерусской антропонимии имена по частям тела были распространены: Большак, Указка, Безымка — и Мизинец или Мизинок. Так могли назвать младшего сына, самого маленького в семье, либо человека невысокого роста или худощавого телосложения. Слово «мизинец» в говорах имело и переносное значение — «меньшой», «последний», поэтому прозвище могло закрепиться за самым младшим из братьев.

Фамилия образована по продуктивной модели: основа Мизин(ок) + суффикс -ов, который указывал на принадлежность («чей?» — Мизинков, то есть сын Мизинка). Суффикс -ок в основе — уменьшительный, он смягчает прозвище, делает его скорее ласковым, чем обидным. В русских говорах «мизинок» фиксируется и как название пальца, и как прозвище младшего ребёнка, так что географически фамилия могла возникнуть в разных регионах, но особенно часто такие прозвища встречались в северных и центральных губерниях.

В отличие от фамилий на -ин (Мизинцев, Мизинов), форма на -ков указывает на то, что прозвище было именно Мизинок, а не Мизинец. Это редкий нюанс, который позволяет точнее восстановить исходное прозвище предка. Сословной привязки у фамилии нет: Мизинковыми могли быть и крестьяне, и посадские люди, и даже духовенство (где младшего сына в семье тоже могли прозвать Мизинком). Известные носители фамилии в открытых источниках не выделяются, что типично для фамилии, образованной от бытового прозвища, — она не связана с дворянскими родами или историческими персонажами, а живёт в народной среде.