Фамилия Мизинка — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, сохранив уменьшительно-ласкательный суффикс -к-. Такая модель нетипична для русских фамилий: обычно в ходу суффиксы принадлежности -ов/-ев или -ин, а здесь мы видим чистую основу, что выдает относительно позднее оформление или, что вероятнее, украинское или белорусское происхождение.

В основе — слово «мизинец». Прозвище Мизинка могли дать самому младшему ребенку в семье, самому низкорослому или щуплому мужчине. На Руси младших сыновей нередко называли по пальцу — Мизином или Мизинкой, и это закреплялось как семейное прозвище. В говорах слово «мизинка» могло означать и нечто маленькое, незначительное, что тоже подходит для характеристики человека.

Версия о связи с ремеслом маловероятна. Мизинка не образовано от названия профессии или орудия труда. Зато есть любопытная параллель: в некоторых диалектах «мизинка» называли вид гриба или мелкую рыбешку, но эти значения слишком локальны и не могли дать устойчивую фамилию.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям и Украине. В современных справочниках она встречается редко, что говорит о её малочисленности и, возможно, угасании. Носители фамилии Мизинка — потомки людей, которых в своем кругу выделяли за малый рост или младшинство, и прозвище пережило века почти без изменений.