Фамилия Мизинкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или нецерковного имени через суффикс притяжательного прилагательного -ин. Основа здесь — «Мизинка», а она, в свою очередь, восходит к слову «мизинец». Так могли прозвать самого младшего ребёнка в семье, самого маленького или невысокого человека. В старых русских семьях детей нередко называли по порядку рождения: Первой, Второй, Меньшой, а мизинцем — самого последнего, «пятого» по счёту. Прозвище Мизинец, Мизинка давали не только малышу, но и взрослому, который был заметно ниже остальных или держался в тени.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мизинкин буквально означает «сын Мизинки» или «человек из рода Мизинки». Это типичная «патронимическая» фамилия, которая закрепилась в XV–XVII веках, когда прозвище отца переходило к детям в форме притяжательного прилагательного. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а, -я. Мизинкин стоит в одном ряду с фамилиями Сысоев (от Сысой) и Путятин (от Путята), но его основа — не церковное имя, а бытовое прозвище.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России. В документах XVII века, например, в переписных книгах Новгородской и Вятской земель, упоминаются крестьяне с прозвищем Мизинец. Это объяснимо: в условиях общины прозвище, данное по росту или старшинству, было точным и запоминающимся. Сословно Мизинкины, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей — в дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Мизи́нкин. Это соответствует общей логике: в словах с суффиксом -ин ударение часто смещается на него, если основа короткая. Редкая, но встречающаяся форма — Мизинкины с ударением на первый слог — может указывать на местный говор или искажение при записи.

Среди однокоренных фамилий — Мизин, Мизинов, Мизинцев. Мизинкин выделяется именно суффиксом -к-, который в прозвище Мизинка придавал уменьшительно-ласкательный оттенок. То есть предок носителя фамилии был не просто «мизинцем», а «маленьким мизинцем» — возможно, самым младшим из младших.