Фамилия Мизинцева образована от прозвища Мизинец — так в старину называли самого младшего, последнего ребёнка в семье. Связь с пальцем руки не прямая, а переносная: младшего сына или дочку, словно мизинец на руке, считали самым маленьким и «крайним» по порядку рождения. Прозвище Мизинец встречается в русских говорах именно в этом значении, и фамилии Мизинцев, Мизинцева — одна из самых прозрачных по смыслу в ряду «порядковых» фамилий (ср. Первов, Второв, Третьяков).

Модель образования типична для русских фамилий XIX века: суффикс -ев/-ов присоединяли к основе прозвища, чтобы указать на принадлежность — «чей сын?» — «Мизинцев». Форма Мизинцева — женская, но в бытовом употреблении часто фигурирует как общая фамилия семьи. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Мизинец, особенно в центральных и северных губерниях — например, в Вологодской и Костромской землях, где «мизинцем» называли не только младшего сына, но и вообще низкорослого человека.

Стоит отметить, что существует и менее распространённая версия: от слова «мизинец» в значении «небольшой, мелкий, ничтожный» — как характеристика роста или статуса. Но ономасты (в частности, Б. Унбегаун) склоняются к «младшему ребёнку» как к основной мотивации, поскольку прозвища по очередности рождения были очень популярны в крестьянской среде.

Географически фамилия Мизинцева рассредоточена по России без ярко выраженного ареала, но чаще встречается в Поволжье и на Урале — туда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из центральных областей. Сословно: преимущественно крестьянская среда, реже — мещанская. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

В написании возможна путаница: Мизинцева и Мизинцова (с буквой «о» под ударением) — второй вариант встречается в южнорусских говорах, где «о» произносится в безударной позиции. Но исторически верная форма — через «е», от слова «мизинец».