Фамилия Мизилины — редкая, с неочевидным корнем, и это как раз тот случай, когда интереснее всего разбирать варианты происхождения. На слух она кажется иноязычной, но скорее всего образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мизилин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Мизиля.

Самая правдоподобная версия ведёт к диалектному слову «мизиля» — так в некоторых русских говорах называли невысокого, щуплого человека, мизинца по росту. Корень здесь тот же, что и в слове «мизинец» (самый маленький палец). Прозвище Мизиля мог получить невысокий мужчина или младший в семье. В этом случае фамилия Мизилины — типичная «прозвищная», каких много на Руси, и её значение прозрачно: «малорослые» или «младшие».

Есть и менее очевидная, но возможная версия: связь с южнославянским или румынским влиянием. В болгарском и сербском языках встречается слово «мизина» (мелкая монета, мелочь), а также фамилии на -ин, образованные от прозвищ, связанных с деньгами или торговлей. Если предки Мизилиных были выходцами с Балкан или из бессарабских земель, прозвище Мизиля могло означать «мелочный», «торгующий по мелочи» или просто «копеечный человек». Однако эта версия требует подтверждения конкретной географией рода.

Написание фамилии — Мизилины (с буквой «и» в середине) — тоже нестандартно. Обычно такие фамилии пишутся через «е» (Мезенины, Мезенцевы), но здесь гласная «и» закрепилась, возможно, из-за местного произношения или ошибки писаря. Встречаются варианты Мизилин (в единственном числе) и Мизилина (женская форма).

Если судить по суффиксу, фамилия недворянская: -ин в русской традиции чаще давали крестьянам и мещанам, а не знати. Сословно Мизилины, скорее всего, были крепостными крестьянами или посадскими людьми из центральных или южных губерний России. Точной географической привязки нет, но фамилия встречается в единичных записях XIX века в Курской и Воронежской губерниях — регионах, где диалектное слово «мизиля» как раз было в ходу.