Фамилия Мльников — один из тех редких случаев, когда написание откровенно противоречит произношению. Без буквы «е» после «м» слово выглядит как искусственное иноязычное заимствование или опечатка. На деле это та же фамилия Мельников, но зафиксированная в документах в момент, когда писарь или сам носитель записал её на слух, опустив беглый гласный. В русских говорах слово «мельник» нередко произносили как «мольник» или даже «мльник» — с редуцированным, почти исчезнувшим звуком. Так что Мльников — не отдельная фамилия с особым корнем, а фонетический вариант, застывший в паспорте.

Основа здесь, как и у Мельникова, — профессия. Мельник был ключевой фигурой в доиндустриальной деревне: без него не смолоть зерно, не испечь хлеб. Фамилию давали не только самому владельцу мельницы, но и его работникам, а иногда и жителям целого поселения, где стояла мельница. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын мельника» или «человек из семьи мельника». Модель типичная для русских фамилий, образованных от названий ремёсел: Кузнецов, Плотников, Столяров.

Интересно, что в дореволюционных переписях фамилия Мльников встречается редко и почти исключительно в северных и центральных губерниях — там, где аканье и редукция гласных были особенно сильны. В современных базах данных носители Мльниковых рассеяны по всей России, но заметных кланов не образуют. Это фамилия-след: она не рассказывает о дворянском происхождении или географической миграции, зато чётко фиксирует, что предок был привязан к мельничному делу, а его имя записали так, как слышали.