Фамилия Мнейкина — женская форма фамилии Мнейкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Мнейка. Слово «мней» в русских говорах означало «гольян» — мелкую рыбку семейства карповых. В переносном смысле так могли назвать невысокого, юркого человека или, наоборот, того, кто «мелко плавает» в делах, не имеет веса в обществе. В некоторых диалектах «мней» — это искажённое «мнея», то есть «мнея» (минога), но связь с рыбой остаётся той же.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мнейкин — «сын Мнейки» или «человек из семьи Мнейки». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где от прозвищ на -а/-я активно образовывали фамилии. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге, вариант с -ин характерен для новгородских и псковских земель.

Спорных версий происхождения немного. Можно предположить, что Мнейка — это сокращение от канонического имени Мануил (в просторечии Мануйла), но фонетически переход «Мануйла» в «Мнейку» маловероятен. Более правдоподобно, что основа связана с глаголом «мнить» (думать, полагать): «мнейка» — тот, кто много мнит о себе. Однако это лишь косвенная гипотеза, не подкреплённая диалектными записями.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в Поволжье, единичные носители зафиксированы в Нижегородской и Кировской областях. Сословная принадлежность предков неясна — в переписных книгах XVIII–XIX веков Мнейкины не выделяются как дворяне или купцы, скорее всего, это были крестьяне или мещане, получившие фамилию по уличному прозвищу.