Фамилия Мочкодан — редкая и по звучанию необычная, что сразу наводит на мысль о составном прозвище. Её основа, скорее всего, склеилась из двух частей: «мочко» и «дан». Первая часть восходит к слову «мочка» — в старину так называли не только ухо, но и небольшой мешочек, кисет или моток ниток. Вторая часть — «дан» — это краткая форма причастия от глагола «дать»: данный, подаренный. В сумме прозвище Мочкодан могло означать человека, который «дал мочку», то есть либо пожертвовал кошелёк, либо передал некий свёрток, либо, в переносном смысле, «надавал по ушам».

По модели образования фамилия типична для украинской и южнорусской ономастики. Формант «-ан» в прозвищах (как в фамилиях Дрига, Лобан, Гудан) часто служил для обозначения деятеля или носителя признака, а соединение двух слов в одно — характерная черта казачьих и крестьянских прозвищ: Вернигора, Непийвода, Мочкодан. В украинском языке слово «мочка» также могло означать «серёжка» или «подвеска», так что прозвище могло относиться к человеку, носившему заметную серьгу, — например, запорожскому казаку, у которого серьга в ухе была знаком принадлежности к определённому куреню.

С географической точки зрения фамилия встречается крайне локально. По данным открытых источников, основные следы ведут в западные области Украины — в частности, в Хмельницкую и Винницкую области, а также в приграничные районы Молдовы. В России носители фамилии единичны, и почти все они — потомки переселенцев с Украины конца XIX — начала XX века.

В сословном отношении предки Мочкоданов, скорее всего, были казаками или свободными крестьянами. Прозвище не содержит указаний на владельческий статус, а его просторечная и бытовая природа говорит о происхождении из среды, где человека называли по заметной черте или поступку, а не по отцу или профессии. Это ставит фамилию в ряд редких «прозвищных» образований, которые почти не встречаются в дворянских родословных.

Стоит отметить, что фамилия не имеет ничего общего с тюркскими или финно-угорскими корнями, как иногда предполагают из-за созвучия. Слово «мочка» — общеславянское, и вся конструкция — чисто восточнославянское прозвище, которое со временем закрепилось в документах как фамилия.