Фамилия Мочунов происходит от прозвища Мочун, и в её основе лежит древний пласт народной речи, связанный с влагой и сыростью. Нарицательное «моча» в старых говорах означало не только физиологическую жидкость, но и «мокрель, мокроту, сырость». Поэтому первая и самая очевидная версия связывает прозвище с местом жительства: Мочуном могли называть человека, чей дом или селение стояли в низине, на болотистом грунте, где земля постоянно влажная. Такое прозвание цепко держалось за хозяином и легко переходило на его потомков.

Вторая версия обращает внимание на глагол «мочить» — «обливать, поливать, класть в жидкость, держать в воде». В этом случае Мочун — прозвище профессиональное. Так могли прозвать кожевника, который вымачивал шкуры, или мастера, занимавшегося мочением льна и конопли перед дальнейшей обработкой. В крестьянском быту эта работа была трудоёмкой и заметной, поэтому прозвище по роду занятий закреплялось за человеком прочно.

Суффикс -ун в прозвище Мочун типичен для русской ономастики: он часто обозначал деятеля или носителя характерного признака (сравните: бегун, говорун, шатун). Позже, по обычной для славян модели, прозвище отца перешло к детям как отчество, а затем застыло в фамилии Мочунов. Иными словами, Мочунов — это «сын Мочуна», и фамилия указывает на конкретного предка с выразительным прозванием.

Стоит заметить, что однокоренные фамилии — Моченов, Мочалов, Мочалин — встречаются в разных регионах России, но Мочунов звучит заметно реже. Это позволяет предположить, что прозвище бытовало в узкой локальной среде и не получило широкого распространения. Где именно это произошло — в северных болотистых краях или в полосе овражных низин, — сказать без генеалогических изысканий трудно. Фамилия остаётся самобытным памятником славянской культуры, но точное время и место её возникновения можно установить только через серьёзную работу с архивами и метрическими книгами.