Фамилия Могыльный — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным местом, а не с характером человека. Основа здесь — топоним «Могильный» или «Могильное». Так назывались сёла, хутора, урочища, часто расположенные у древних курганов или кладбищ. В украинских и южнорусских землях, где фамилия встречается чаще всего, слово «могила» означает и захоронение, и насыпной холм. Человек, получивший фамилию Могыльный, скорее всего, был выходцем из такого поселения — «могильный» значило «живущий на Могильном». Форма с буквой «ы» в корне (Могыл-, а не Могил-) — характерная черта украинской или белорусской фонетики, где «и» в ряде говоров переходило в твёрдый «ы». Это сразу указывает на юго-западное происхождение фамилии.

Суффикс -н- в основе «Могыльный» работает как относительное прилагательное: он указывает на признак по месту, а не на принадлежность роду. В отличие от фамилий на -ов/-ин (Могилёв, Могилин), которые говорят «чей?», Могыльный отвечает на вопрос «какой?» и закрепился в виде прозвища-прилагательного. Такая модель образования встречается реже, чем патронимическая, и часто свидетельствует о более позднем оформлении фамилии или о её книжном, официальном закреплении за священниками или казаками. В реестрах запорожского казачества XVII–XVIII веков встречаются прозвища вроде Могила, Могильный — их носителями часто были люди, жившие возле могильников или курганов, которых на южных степных границах было множество.

Есть и другая, менее вероятная версия: прозвище могли дать человеку угрюмого, «мрачного как могила» нрава. Но против этого говорит суффикс -н-, образующий прилагательное от существительного, а не от качественного признака. Прозвища по характеру обычно давались в форме существительных (Мрачный, Хмурый), а не относительных прилагательных с топонимическим суффиксом. Поэтому географическая версия убедительнее.

Встречаемость фамилии сегодня невысока. Она рассеяна по Украине (особенно в Черкасской, Полтавской, Киевской областях) и в прилегающих регионах России. Вариант написания «Могильный» (через «и») встречается чаще, но именно форма «Могыльный» сохранила архаичное произношение и выдает носителя с корнями в зоне украинских говоров. В дореволюционных метрических книгах можно найти оба написания даже в одной семье, что говорит о неустойчивости орфографии до унификации фамилий в советское время.