Фамилия Моисеец выделяется своим окончанием: если большинство русских фамилий образовано с помощью суффиксов -ов/-ев, -ин или -ский, то здесь мы видим редкий суффикс -ец. В русской ономастике этот суффикс часто указывал на происхождение человека из определённой местности или на его принадлежность к какой-либо группе людей. В случае с фамилией Моисеец основа — библейское имя Моисей. Таким образом, фамилия могла означать «потомок Моисея» или «человек, имеющий отношение к Моисею». Но есть и другая, более конкретная версия.

В дореволюционной России фамилии на -ец нередко давали выходцам из духовного сословия. Семинаристы, получая фамилию при поступлении в училище, часто брали её по имени святого или библейского персонажа. Моисеец — это как раз такой случай: ученик, которого «записали» как «Моисеева человека». В отличие от распространённой фамилии Моисеев, форма Моисеец более архаична и книжна, она как бы подчёркивает не просто родство, а прямое отношение к пророку. Такую фамилию могли дать в духовной семинарии, чтобы отличить одного из нескольких Моисеевых или просто в честь ветхозаветного законодателя.

Встречается фамилия и в украинском контексте. На Украине суффикс -ець (в русской передаче -ец) — один из самых продуктивных в фамилиях. Моисеец (Мойсеєць) там могло означать «сын Моисея», то есть быть типичной патронимической фамилией, аналогичной русскому Моисеев. В таком случае носитель фамилии — потомок человека по имени Моисей, но с местным, западнорусским или малороссийским окончанием.

Географически фамилия редкая. Она почти не встречается в центральных и северных областях России, но её можно найти на юге, особенно в бывших казачьих областях (Кубань, Дон) и в Беларуси. Это подтверждает версию о её южнорусском или украинском происхождении. Социально же, если исходить из семинарской теории, предки-Моисеецы могли быть священнослужителями или их детьми — людьми грамотными, но не знатными. Точных данных о сословной принадлежности нет, но в любом случае фамилия звучит книжно и необычно для крестьянской среды.