Фамилия Мокеевский — относительно редкая, и её происхождение напрямую связано с крестильным именем Мокей. В основе лежит каноническое имя Мокий (от греческого «mokos» — насмешник, пересмешник), которое в народной речи превратилось в более простое Мокей. От него образовалось отчество Мокеев (чей-то сын Мокея), а уже от отчества через суффикс -ский возникла фамилия Мокеевский.

Суффикс -ский в русских фамилиях чаще всего указывает на дворянское или шляхетское происхождение, либо на связь с географическим названием (село, усадьба). Однако в данном случае это типичная «искусственная» модель: фамилию могли получить в духовном сословии, в семинариях. Священникам часто меняли бытовые фамилии на более благозвучные, с окончанием -ский, привязывая их к имени отца или к названию прихода. Таким образом, Мокеевский — это «облагороженная» форма простого отчества Мокеев, которую мог взять выпускник семинарии, сын дьячка или священника по имени Мокей.

География фамилии размыта, но встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, а также в среде старообрядцев. В отличие от массовых Мокеевых, форма Мокеевский встречается реже и почти не фиксируется в ранних писцовых книгах — это говорит о её более позднем, книжном происхождении (XVIII–XIX века). В одном из вариантов написания встречается двойное «с» — Мокеевский, но это не меняет этимологии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Мокеев — исходная, «народная» форма, а Мокеевский — её «учёный» вариант. Мокеевых в России в десятки раз больше, поэтому носитель фамилии Мокеевский почти наверняка происходит из семьи, где предок был либо священнослужителем, либо получил фамилию при переписи в среде грамотного населения. Других версий — от прозвища Мокей (мокрый, сырой) или от топонима — не подтверждается: сёл с названием Мокеево много, но суффикс -ский в этом случае дал бы фамилию Мокеевский, а не Мокеевский, и она бы указывала на владельца села, а не на выходца из него.