Фамилия Мокиенко почти наверняка происходит от имени Мокий. В переводе с греческого оно означает «насмешник». В акающих говорах, где безударная «о» звучит как «а», имя Мокий легко превращалось в «Макий», а в обиходе — в ласкательную форму Мокиенко. Именно этот путь выглядит наиболее правдоподобным.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с именем Македоний. От него образовывали краткую форму Макей, которая в тех же акающих говорах тоже могла звучать как «Мокей». Однако для фамилии с суффиксом -енко, типичным для украинских и южнорусских земель, имя Мокий даёт более простое и естественное объяснение: без промежуточных ступеней.

Суффикс -енко в этой фамилии — классический патронимический, то есть указывающий на отца. Первоначально форма Мокиенко означала «сын Мокия». Такая модель была широко распространена в Левобережной Украине и на юге России, где фамилии на -енко закреплялись за казачеством, мещанством и крестьянством начиная с XVII века.

Интересно, что имя Мокий в святцах встречается нечасто, поэтому и фамилий от него образовано немного. Родственные варианты — Мокеев, Мокиенков, Мокаев — тоже встречаются реже, чем фамилии от распространённых Ивана или Петра. Это делает Мокиенко довольно узнаваемой, не размытой в массе однофамильцев.

В написании фамилии иногда путают гласную: встречаются варианты «Макиенко» или «Мокеенко». Первый отражает то самое аканье, а второй — попытку сохранить полное звучание имени. Но исторически верной считается форма с «и»: Мокиенко.